Merupakan pelaksana kebijakan NU yang berkaitan dengan kelompok masyarakat tertentu. Badan Otonom ini meliputi:
1. Jam'iyyah Ahli Thariqah Al-Mu'tabarah An-Nahdliyah
Program pokok:
- Pengkajian ketarekatan dan keagamaan
- Pengembangan ajaran tarekat mu'tabarah di lingkungan NU
- Pembinaan praktek tarekat bagi warga NU
Jaringan organisasi:
- 15 Wilayah
- 200 Cabang
2. Muslimat NU
Program pokok:
- Pengkaderan dan pengembangan keorganisasian
- Pengkajian keperempuanan dan kemasyarakatan
- Pengembangan SDM kaum perempuan
- Pengembangan pendidikan kejuruan
- Pengembangan usaha social dan advokasi perempuan
Jaringan organisasi:
- 31 Wilayah
- 339 Cabang
- 2.650 Anak Cabang (setingkat MWC)
Jaringan usaha:
- 49 Rumah Sakit, Poliklinik dan Rumah Bersalin
- 8.522 TK dan TPQ
- 247 Koperasi (koperasi An Nisa)
- Puluhan panti yatim piatu, panti balita, asrama putri, dan Balai Latihan Kerja yang tersebar di pelbagai daerah
3. Gerakan Pemuda Ansor (GP Ansor)
Program pokok:
- Pengkaderan dan pengembangan keorganisasian
- Pengembangan wawasan kebangsaan
- Pengembangan SDM di bidang ekonomi, politik, IPTEK, social budaya, dan hukum
- Pengembangan jaringan kerja nasional dan internasional
Jaringan organisasi:
- 30 Wilayah
- 337 Cabang
Jaringan usaha:
INKOWINA (Induk Koperasi Wira Usaha Nasional)
4. Fatayat NU
Program pokok:
- Pengkaderan dan pengembangan keorganisasian
- Kajian kepemudaan dan keperempuanan
- Pendidikan dan penyuluhan kesehatan masyarakat
- Penanggulangan krisis social, terutama menyangkut perbaikan kualitas generasi muda
Jaringan organisasi:
- 27 Wilayah
- 334 Cabang
5. Ikatan Pelajar Nahdlatul Ulama (IPNU)
Program pokok:
- Pengkaderan dan pengembangan keorganisasian
- Pengkajian social kemasyarakatan
- Pengembangan kreatifitas pelajar
- Penggalangan dana beasiswa bagi pelajar kurang mampu
- Pendidikan dan pembinaan remaja penyandang masalah social
Jaringan organisasi:
- 27 Wilayah
- 265 Cabang
Jaringan Usaha:
KOPUTRA (Koperasi Putra Nusantara)
6. Ikatan Pelajar Putri Nahdlatul Ulama (IPPNU)
Program pokok:
- Pengkaderan dan pengembangan keorganisasian
- Pengkajian social keagamaan serta masalah remaja dan kepelajaran
- Pendidikan dan pelayanan kesehatan remaja
- Pengembangan pendidikan bagi pelajar putus sekolah
Jaringan organisasi:
- 26 Wilayah
- 316 Cabang
7. Ikatan Sarjana Nahdlatul Ulama (ISNU)
Program pokok:
- Pemetaan dan pengembangan potensi kader terdidik NU
- Optimalisasi peran dan mobilitas social warga NU
- Pengkajian masalah-masalah keindonesiaan
- Pengembangan jaringan kerja nasional dan internasional
Jaringan organisasi:
- 5 Wilayah
- 17 Cabang
8. Ikatan Pencak Silat Pagar Nusa (IPS Pagar Nusa)
Program pokok:
- Pendidikan bela diri pencak silat.
- Pembinaan dan pengembangan tenaga keamanan di lingkungan NU.
- Pengembangan kerja social kemanusiaan
Jaringan organisasi:
- 15 Wilayah
- 110 Cabang
9. Jami'iyyatul Qurro wal Huffadz (JQH)
Program pokok:
- Pengkajian dan pengembangan seni baca Al-Qur'an.
- Pendidikan dan pembinaan qira'atul Qur'an.
- Pengembangan SDM di bidang tahfidzul Qur'an.
- Penyelenggaraan MTQ.
Jaringan organisasi:
- 27 Wilayah
- 339 Cabang
*Selain 10 Badan Otonom, 5 Lajnah, dan 10 Lembaga, khusus di tingkat Pusat NU juga memiliki Centre for Strategic Policy Studies (CSPS) yang bertugas mengkaji masalah-masalah yang terkait dengan kebijakan strategis pemerintah.
Label: banom
